Σημειακές μόνο παρεμβάσεις στη διαμόρφωση του περιβάλλοντος χώρου δεν μπορούν να αποτελούν αφετηρία μέτρησης του πραγματοποιούμενου ύψους του κτηρίου.
Τέτοιες σημειακές επεμβάσεις είναι π.χ. η ράμπα αυτοκινήτων, τα cour anglaise, κ.λπ..

Υπάρχει και η ερωταπάντηση #6 της 25ης σύσκεψης ΤΕΕ/ΤΚΜ-€“Υ.ΔΟΜ.ΚΜ που αναφέρει:
Ερ: Οι μπαζωμένοι εξώστες ακολουθούν τις διατάξεις των ανοικτών εξωστών ως προς την κάλυψη και τη θέση τους στο οικόπεδο, σύμφωνα με την §3, Άρθρο 16, Ν.4067/12 ή υπάγονται στις διαμορφώσεις του ακαλύπτου χώρου του οικοπέδου (βεράντες) σύμφωνα με την §3γ, Άρθρο 17, Ν.4067/12;
Απ.: Οι μπαζωμένοι εξώστες εξακολουθούν να υπάγονται στις διαμορφώσεις του ακαλύπτου χώρου.

Για την αφετηρία μέτρησης ύψους σε παραπέμπω στα ακόλουθα:
1) ΝΟΚ, άρθρο 15, §3 και §4
2) Έγγραφο ΔΟΚΚ/29066/30.05.2013 – Αφετηρία μέτρησης ύψους στους οικισμούς κάτω των 2.000 κατοίκων

Αυτό που γράφεις "Επιτρέπεται η τροποποίηση της φυσικής στάθμης του εδάφους των ακαλύπτων χώρων του οικοπέδου μόνο για τη διευκόλυνση της φυσικής απορροής ομβρίων" δεν ισχύει. Έχει τροποποιηθεί με τον Ν.4280/14.